基本情報

氏名
笠原 浩太 博士(科学)
職位
助教
所属
立命館大学 生命科学部 生命情報学科 計算構造生物学研究室
住所
525-8577 滋賀県草津市野路東1-1-1 立命館大学びわこ・くさつキャンパス バイオリンク4F
E-mail
ktkshr <at> fc.ritsumei.ac.jp

業績リスト

原著論文(査読付き)

  • *: Corresponding author(s). / †: Joint first authors.
    1. †Naoki Ogasawara​, *†Kota Kasahara​​, Ryosuke Iwai, Takuya Takahashi,
      "Unfolding of α-helical 20-residue poly-glutamic acid analyzed by multiple runs of canonical molecular dynamics simulations",
      2018, PeerJ, 6:e4769, doi: 10.7717/peerj.4769, URL
    2. *Kota Kasahara, Shun Sakuraba, Ikuo Fukuda,
      "Enhanced Sampling of Molecular Dynamics Simulations of a Polyalanine Octapeptide: Effects of the Periodic Boundary Conditions on Peptide Conformation",
      2018, The Journal of Physical Chemistry B, 122(9):2495-2503, doi: 10.1021/acs.jpcb.7b10830, PubMed URL
    3. Tomonori Hayami Kota Kasahara Haruki Nakamura *Junichi Higo,
      "Molecular Dynamics Coupled with a Virtual System for Effective Conformational Sampling",
      2018, Journal of Computational Chemistry, In press, doi: 10.1002/jcc.25196, PubMed URL
    4. *†Kota Kasahara, *†Masaaki Shiina, Junichi Higo, Kazuhiro Ogata, Haruki Nakamura,
      "Phosphorylation of an intrinsically disordered region of Ets1 shifts a multi-modal interaction ensemble to an auto-inhibitory state.",
      2018, Nucleic Acids Research, 46(5):2243-2251, doi: 10.1093/nar/gkx1297, PubMed URL
    5. *Junichi Higo, Kota Kasahara, BHaruki Nakamura,
      "Multi-dimensional virtual system introduced to enhance canonical sampling.",
      2017, The Journal of Chemical Physics, 147: 134102, doi: 10.1063/1.4986129, PubMed URL
    6. Hasitha Muthumala Waidyasooriya, Masanori Hariyama, Kota Kasahara,
      "OpenCL-Based Implementation of an FPGA Accelerator for Molecular Dynamics Simulation.",
      2017, Information Engineering Express, 3(2): 11-23, , URL
    7. *Kasahara K, Shiina M, Fukuda I, Ogata K, Nakamura H,
      "Molecular mechanisms of cooperative binding of transcription factors Runx1–CBFβ–Ets1 on the TCRα gene enhancer.",
      2017, PLoS ONE, 12(2): e0172654, doi:10.1371/journal.pone.0172654, URL
    8. *Junichi Higo, Kota Kasahara, Bhaskar Dasgupta, Haruki Nakamura,
      "Enhancement of canonical sampling by virtual-state transitions",
      2017, The Journal of Chemical Physics, 146(044104):1-12, doi: 10.1063/1.4974087, PubMed URL
    9. Hasitha Muthumala Waidyasooriya, Masanori Hariyama, Kota Kasahara,
      "An FPGA Accelerator for Molecular Dynamics Simulation Using OpenCL",
      2017, International Journal of Networked and Distributed Computing, 5(1):52-61, doi: 10.1109/ICIS.2016.7550743, URL
    10. Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura,
      "IBiSA_tools: A Computational Toolkit for Ion-binding State Analysis in Molecular Dynamics Trajectories of Ion Channels ",
      2016, PLoS ONE, 11(12): e0167524, doi: 10.1371/journal.pone.0167524, PubMed URL
    11. Kota Kasahara, Benson Ma, Kota Goto, Bhaskar Dasgupta, Junichi Higo, Ikuo Fukuda, Tadaaki Mashimo, Yutaka Akiyama, Haruki Nakamura,
      "myPresto/omegagene: a GPU-accelerated molecular dynamics simulator tailored for enhanced conformational sampling methods with a non-Ewald electrostatic scheme",
      2016, Biophysics and Physicobiology, 13:209-216, doi: 10.2142/biophysico.13.0_209, PubMed URL
    12. Kota Kasahara, *Kengo Kinoshita,
      "Landscape of protein-small ligand binding modes.",
      2016, Protein Sci, 25(9):1659-71, doi: 10.1002/pro.2971, PubMed URL
    13. Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura,
      "mDCC_tools: characterizing multi-modal atomic motions in molecular dynamics trajectories",
      2016, Bioinformatics, 32(16):2531-3, doi: 10.1093/bioinformatics/btw129, PubMed URL
    14. Kota Kasahara, Matsuyuki Shirota, *Kengo Kinoshita,
      "Ion Concentration- and Voltage-Dependent Push and Pull Mechanisms of Potassium Channel Ion Conduction",
      2016, PLoS ONE, 11:e0150716, doi: 10.1371/journal.pone.0150716, PubMed URL
    15. *Junichi Higo, Bhaskar Dasgupta, Tadaaki Mashimo, Kota Kasahara, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura,
      "Virtual-system-coupled adaptive umbrella sampling to compute free-energy landscape for flexible molecular docking.",
      2015, J Comput Chem, 36(20):1489-501, doi: 10.1002/jcc.23948, PubMed URL
    16. Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura,
      "A Novel Approach of Dynamic Cross Correlation Analysis on Molecular Dynamics Simulations and Its Application to Ets1 Dimer-DNA Complex.",
      2014, PLoS ONE, 9:e112419, doi: 10.1371/journal.pone.0112419, PubMed URL
    17. Bhaskar Dasgupta, Kota Kasahara, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura, *Akira R Kinjo,
      "Specific Non-Local Interactions Are Not Necessary for Recovering Native Protein Dynamics",
      2014, PLoS ONE, 9:e91347, doi: 10.1371/journal.pone.0091347, PubMed URL
    18. Kota Kasahara, *Kengo Kinoshita,
      "GIANT: pattern analysis of molecular interactions in 3D structures of protein–small ligand complexes.",
      2014, BMC Bioinformatics, 15:12, doi: 10.1186/1471-2105-15-12, PubMed URL
    19. Kota Kasahara, Matsuyuki Shirota, *Kengo Kinoshita,
      "Ion Concentration-Dependent Ion Conduction Mechanism of a Voltage-Sensitive Potassium Channel.",
      2013, PLoS ONE, 8:e56342, doi: 10.1371/journal.pone.0056342, PubMed URL
    20. Kota Kasahara, Matsuyuki Shirota, *Kengo Kinoshita,
      "Comprehensive classification and diversity assessment of atomic contacts in protein-small ligand interactions.",
      2013, J Chem Inf Model, 53:241–248, doi: 10.1021/ci300377f, PubMed URL
    21. *Takeshi Obayashi, Kozo Nishida, Kota Kasahara, Kengo Kinoshita,
      "ATTED-II updates: condition-specific gene coexpression to extend coexpression analyses and applications to a broad range of flowering plants.",
      2011, Plant Cell Physiol, 52:213–219, doi: 10.1093/pcp/pcq203, PubMed URL
    22. *Kota Kasahara, Kengo KinoshitK, Toshihisa Takagi,
      "Ligand-binding site prediction of proteins based on known fragment-fragment interactions.",
      2010, Bioinformatics, 26:1493–1499, doi: 10.1093/bioinformatics/btq232, PubMed URL
    23. Kota Kasahara, Hideyuki Tsuboi, Michihisa Koyama, Akira Endou, Momoji Kubo, Calros Adriel Del Carpio, *Akira Miyamoto,
      "Tight-Binding Quantum Chemical Molecular Dynamics Study on First Proton Transfer Process of ORR Catalyzed by Cobalt-Porphyrin Complex.",
      2006, Electrochem Solid-State Lett, 9:A490, doi: 10.1149/1.2336985, URL

    日本語総説

    1. 笠原浩太, 城田松之, 木下賢吾 分子動力学シミュレーションによるタンパク質動的構造の解明:電位依存カリウムチャネルでの適用を例として 2013 生化学 第85巻 第8号 656-662

    書籍

    1. 技術情報協会編 in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術 2018 amazon
    2. 中村春木編 見てわかる構造生命科学-生命科学研究へのタンパク質構造の利用 2014 amazon
    3. 柳田敏雄, 木下賢吾, 笠原浩太, 木寺詔紀 , 林重彦, 江口至洋, 高木周 計算と生命(岩波講座 計算化学 第4巻) 2012 amazon

    ソフトウェア/データベース

    Curriculum Vitae

    略歴

    1983年1月8日
    誕生
    1998年4月1日−2003年3月19日
    国立長岡工業高等専門学校 物質工学科
    2003年4月1日−2005年3月
    東北大学工学部 化学・バイオ系 (宮本明教授)
    2005年4月1日−2007年3月27日
    東北大学大学院工学研究科
    応用化学専攻 博士課程前期
    (宮本明教授)
    2007年4月1日−2010年9月27日
    東京大学大学院新領域創成科学研究科
    情報生命科学専攻 博士課程後期
    (高木利久教授)
    2008年4月−2009年3月
    日本学術振興機構特別研究員(DC2)
    2010年10月1日−2012年12月31日
    東北大学大学院情報科学研究科 応用情報科学専攻
    博士研究員 (木下賢吾教授)
    2013年1月1日−2016年3月31日
    大阪大学蛋白質研究所 附属蛋白質解析先端研究センター
    博士研究員 (中村春木教授)
    2016年4月1日−現在
    立命館大学 生命科学部 生命情報学科
    助教 (高橋卓也教授)

    所属学会

    • 日本蛋白質科学会
    • 日本生物物理学会
    • 日本バイオインフォマティクス学会

    受賞など