基本情報

氏名
笠原 浩太 博士(科学)
職位
助教
所属
立命館大学 生命科学部 生命情報学科 計算構造生物学研究室
住所
525-8577 滋賀県草津市野路東1-1-1 立命館大学びわこ・くさつキャンパス バイオリンク4F
E-mail
ktkshr <at> fc.ritsumei.ac.jp

業績リスト

原著論文(査読付き)

  1. Kasahara K and Kinoshita K Landscape of Protein–Small ligand Binding Modes 2016 Protein Science In press PubMed URL
  2. Kasahara K, Mohan N, Fukuda I, Nakamura H mDCC_tools: characterizing multi-modal atomic motions in molecular dynamics trajectories. 2016 Bioinformatics 10.1093/bioinformatics/btw129. PubMed URL
  3. Kasahara K, Shirota M, Kinoshita K Ion Concentration- and Voltage-Dependent Push and Pull Mechanisms of Potassium Channel Ion Conduction. 2016 PLoS ONE 11:e0150716 PubMed URL
  4. Higo J, Dasgupta B, Mashimo T, Kasahara K, Fukunishi Y, Nakamura H, Fukuda I, Nakamura H Virtual-system-coupled adaptive umbrella sampling to compute free-energy landscape for flexible molecular docking. 2015 J Comput Chem 36(20):1489-501 PubMed URL
  5. Kasahara K, Fukuda I, Nakamura H A Novel Approach of Dynamic Cross Correlation Analysis on Molecular Dynamics Simulations and Its Application to Ets1 Dimer-DNA Complex. 2014 PLoS ONE 9:e112419 PubMed URL
  6. Dasgupta B, Kasahara K, Kamiya N, Nakamura H, Kinjo AR Specific Non-Local Interactions Are Not Necessary for Recovering Native Protein Dynamics 2014 PLoS ONE 9:e91347 PubMed URL
  7. Kasahara K, Kinoshita K GIANT: pattern analysis of molecular interactions in 3D structures of protein–small ligand complexes. 2014 BMC Bioinformatics 15:12 PubMed URL
  8. Kasahara K, Shirota M, Kinoshita K Ion Concentration-Dependent Ion Conduction Mechanism of a Voltage-Sensitive Potassium Channel. 2013 PLoS ONE 8:e56342 PubMed URL
  9. Kasahara K, Shirota M, Kinoshita K Comprehensive classification and diversity assessment of atomic contacts in protein-small ligand interactions. 2013 J Chem Inf Model 53:241–248 PubMed URL
  10. Obayashi T, Nishida K, Kasahara K, Kinoshita K ATTED-II updates: condition-specific gene coexpression to extend coexpression analyses and applications to a broad range of flowering plants. 2011 Plant Cell Physiol 52:213–219 PubMed URL
  11. Kasahara K, Kinoshita K, Takagi T Ligand-binding site prediction of proteins based on known fragment-fragment interactions. 2010 Bioinformatics 26:1493–1499 PubMed URL
  12. Kasahara K, Tsuboi H, Koyama M, Endou A, Kubo M, Del Carpio CA, Miyamoto A Tight-Binding Quantum Chemical Molecular Dynamics Study on First Proton Transfer Process of ORR Catalyzed by Cobalt-Porphyrin Complex. 2006 Electrochem Solid-State Lett 9:A490 URL

日本語総説

  1. 笠原浩太, 城田松之, 木下賢吾 分子動力学シミュレーションによるタンパク質動的構造の解明:電位依存カリウムチャネルでの適用を例として 2013 生化学 第85巻 第8号 656-662

書籍

  1. 中村春木編 見てわかる構造生命科学-生命科学研究へのタンパク質構造の利用 2014 amazon
  2. 柳田敏雄, 木下賢吾, 笠原浩太, 木寺詔紀 , 林重彦, 江口至洋, 高木周 計算と生命(岩波講座 計算化学 第4巻) 2012 amazon

Curriculum Vitae

略歴

1983年1月8日
誕生
1998年4月1日−2003年3月19日
国立長岡工業高等専門学校 物質工学科
2003年4月1日−2005年3月
東北大学工学部 化学・バイオ系 (宮本明教授)
2005年4月1日−2007年3月27日
東北大学大学院工学研究科
応用化学専攻 博士課程前期
(宮本明教授)
2007年4月1日−2010年9月27日
東京大学大学院新領域創成科学研究科
情報生命科学専攻 博士課程後期
(高木利久教授)
2008年4月−2009年3月
日本学術振興機構特別研究員(DC2)
2010年10月1日−2012年12月31日
東北大学大学院情報科学研究科 応用情報科学専攻
博士研究員 (木下賢吾教授)
2013年1月1日−2016年3月31日
大阪大学蛋白質研究所 附属蛋白質解析先端研究センター
博士研究員 (中村春木教授)
2016年4月1日−現在
立命館大学 生命科学部 生命情報学科
助教 (高橋卓也教授)

所属学会

  • 日本蛋白質科学会
  • 日本生物物理学会
  • 日本バイオインフォマティクス学会

ソフトウェア